賈基洛尼亞大學原名爲“克拉科夫大學”，1365年由卡西米爾三世建立。中歐各國之間唯有捷克的查理大學建校歷史更悠久。 19世紀“克拉科夫大學”改名“賈基洛尼亞大學”，以紀念波蘭的亞蓋洛王朝。 許多名人都曾經畢業於賈基洛尼亞大學。
